Рейтинг лучших университетов составляется рейтинговым агентством RAEX уже более 11 лет. Также 5 лет подряд Forbes формирует свой ТОП-100 институтов. Несмотря на некоторые отличия в методологии составления рейтинга, прослеживаются тенденции: лучшие учебные заведения все больше стремятся к столицам. В десятке лучших вузов все меньше региональных институтов и все больше московских. При формировании рейтинга аналитики смотрят на следующие показатели:
- востребованность выпускников (при проведении опроса 100 лучших работодателей)
- отзывы компаний о выпускниках
- научная деятельность и публикации
- международная составляющая (обмен с международными вузами, возможность трудоустройства выпускников за границей, позиции вуза в международных рейтингах)
- качество нетворкинга (кого берут в вуз: приглашают ли призеров олимпиад, каков средний балл егэ при поступлении) Чем выше качество приема, чем выше рейтинг
- качество преподавания
- востребованность среди абитуриентов
- средний доход выпускников
- ресурсная составляющая
Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова
Московский государственный технический университет имени Н.Э. Баумана
Московский физико-технический институт (государственный университет)
Санкт-Петербургский государственный университет
Национальный исследовательский ядерный университет МИФИ
Национальный исследовательский университет Высшая Школа Экономики 
Московский государственный институт международных отношений (Университет) МИД России
Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого
Национальный исследовательский Томский политехнический университет
Российская академия народного хозяйства и государственной службы при Президенте Российской Федерации
Финансовый университет при Правительстве Российской Федерации
Российский экономический университет имени Г.В. Плеханова
Уральский федеральный университет имени Б.Н. Ельцина
Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
Сколковский институт науки и технологий